Durante il Miocene-Pliocene un’intensa fase tettonica ha determinato il corrugamento delle formazioni sedimentarie caratteristiche dell’Appennino centrale e conseguentemente di Monte Malbe.

Gli affioramenti di Monte Malbe sono costituiti dalla successione carbonatica che va dalla scaglia cinerea al rosso ammonitico, tipica  dell'appennino umbro-marchigiano, rappresentandone l'unità più esterna, ed unicamente visibile ad occhio nudo. Un tempo questi affioramenti dovevano costituire il fianco occidentale del monte, e con il passare degli anni ora questo settore è mutato profondamente, mascherandone la sua granulometria. Espressione della formazione calcarea del monte sono le trosce ( piccoli invasi di acqua) spesso asciutte nel periodo estivo, e le doline,  tra cui la più importante in prossimità del “podere romitorio”.